Madrasah ini didirikan di Dusun krandon, Desa wedomartani, Kecamatan Ngemplak Kabupaten SLeman tahun 1966 terpelopori oleh organisasi yang saat itu bergerak dalam bidang keagamaan yaitu Ma’arif dibawah naungan NAHDATUL ULAMA,dengan beberapa tokoh masyarakat setempat disemangati oleh H. Asyhari, H Sugidi Cokro Suwikno yang berasal dari dusun Krandon Wedomartani,Ngemplak. Karena kedua tokoh tersebut sangat sadar belum adannya instansi pendidikan untuk daerah tersebut pada waktu itu. Dua tahun kemudian pada 1968, karena antusias warga yang banyak memasukkan putra/putri mereka berimbas pada keterbatasan sarana dan prasarana serta dana operasional yang dimiliki, kemudian para tokoh beserta masyarakat yang waktu itu peduli dengan kelangsungan dan eksistensi sekolah untuk ke depannya terus melakukan alternatif yang salah satunnya mengenai status sekolah. Akhirnya dengan syarat perubahan nama ma’arif menjadi MTs AIN berubahlah status dari sekolah ma’arif yang bernaung dibawah Nahdatul Ulama yang swasta (mandiri) menjadi Negeri dan terlepas dari organisasi keagamaan. Hal ini berimbas sangat baik pada masyarakat sekitar untuk menyekolahkan putra/putri mereka dan semakin sangat terasa pula diinternal sekolah yaitu terutama pada sarana prasarana untuk kegiatan belajar mengajar yang sangat berpengaruh pada hasil, proses pembelajaran, untuk siswa bahkan Guru pengajar Tahun 1980 MTsN AIN resmi pindah dari Krandon ke Pokoh dengan nama MTsN Ngemplak. Sesuai dengan nama daerah yang ditempati yaitu pokoh, Wedomartani, Ngemplak, Sleman, Yogyakarta. Tentunnya proses pindah dan pembangunannya dibiayai oleh pemerintah dibawah Kementerian Agama hingga saat ini. Dengan perkembangannya yang begitu pesat saat ini MTsN Ngemplak yang menempati lahan Kas Desa Wedomartani tepatnya di Dusun Pokoh dengan luas lahan 6155 m2 dengan luas bangunan 1441 m2 dengan bangunan gedung bertingkat lantai 2, terdiri dari Gedung Ruang Kelas sebanyak 15 kelas, Laboratotium Komputer 1 ruang, Laboratorium Bahasa 1 ruang, Laboratorium IPA 1 ruang, Laboratorium Agama/Sarana Ibadah 2 ruang, Gedung Perpustakaan 1 ruang, Ruang Kepala Madrasah 1 ruang, Ruang Guru 1 ruang, Ruang Kepala Tata Usaha 1 ruang, Ruang Bimbingan Konseling 1 ruang, Ruang WC/Kamar Mandi Guru/Pegawai 3 ruang, Ruang WC/Kamar Mandi siswa 14 ruang, Ruang Osis 1 ruang, Ruang UKS 1 ruang, Ruang Keterampilan 1 ruang, Ruang Musik 1 ruang, Gudang 1 ruang, Ruang Parkir 2 ruang. Berdasarkan Hasil Akreditasi Sekolah/Madrasah yang baru dilaksanakan pada Tahun 2013 oleh Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN-S/M) MTsN Ngemplak berhasil memperoleh predikat Status akreditasi “A” dengan nilai 93. Kekuatan/Jumlah Tenaga Pendidik dan Tenaga Kependidikan MTsN Ngemplak dengan perkembangannya saat ini sebanyak 33 tenaga pendidik, terdiri dari Guru PNS Kemenag sebanyak 25 orang, Guru PNS DKP sebanyak 3 orang, Guru Non PNS sebanyak 4 orang dan 1 orang guru TIK yang diangkat oleh Komite. Kekuatan tenaga Kependidikan sebanyak 12 orang, terdiri dari Pegawai PNS Kemenag sebanyak 9 orang dan PTT sebanyak 3 orang. Perkembangan jumlah siswa MTsN Ngemplak saat ini sebanyak 501 siswa, terdiri dari siswa kelas VII sebanyak 170 siswa, kelas VIII sebanyak 166 siswa dan siswa kelas IX sebanyak 165 siswa.